Тогда ярко проявился организаторский талант Чуянова. Он занимался вопросами тыла, а также реорганизацией производства на нужды фронта. При его содействии четко была организована заготовка и переработка сельхозпродуктов, а также работа предприятий по ремонту техники.
Большая работа была проведена под руководством Чуянова по формированию и подготовке отрядов народного ополчения, рабочих отрядов самообороны, по эвакуации из города мирных жителей и государственных ценностей.
В 1942-1943 был членом Военного совета Сталинградского, Донского и Южного фронтов.
С 1946 года Алексей Семенович был на руководящей государственной и хозяйственной работе, с 1955 по 1960 год - работал в Государственном комитете Совета Министров СССР по вопросам труда и заработной платы.
Решением Волгоградского городского Совета депутатов трудящихся от 4 мая 1970 года «за особые заслуги, проявленные в обороне города и разгроме немецко-фашистских войск в Сталинградской битве» Чуянову было присвоено звание «Почетный гражданин города-героя Волгограда».
Умер в 1977 году, похоронен на Мамаевом кургане.